伊斯兰教化和现代意义上的维吾族的形成

1125年，契丹贵族耶律大石以巴拉沙衮为首府建立强大的西辽政权，高昌回纥和喀喇汗朝相继成为它的属国。1211年，成吉思汗西征，新疆和整个中亚地区都归入蒙古大汗国的版图，塔里木盆地是成吉思汗次子察合台的封地，后来发展成察合台汗国。1370年左右，察合台汗国分裂为多个地方割据政权。尽管各割据政权的首领都是蒙古贵族，但是当他们进入塔里木盆地和中亚河中地区后，由于长期生活于操突厥语的居民中间，蒙古贵族和士兵从语言、习惯和生活方式上也都逐渐突厥语化和伊斯兰教化了。
16世纪初，察合台的后代赛义德汗在喀什噶尔建立“叶尔羌汗国”。1513年，赛义德汗以伊斯兰教为旗帜，统一了整个塔里木盆地，完全肃清了佛教势力。从此以后，塔里木盆地各绿洲的居民在政治、经济、文化和宗教上完全统一，也才有了共同的民族心理意识。现代意义上的维吾尔族形成了。